・総会
　正会員をもって構成される最高決定機関です。
　総会には「通常総会」と「臨時総会」があり、「通常総会」は毎年1回開催されます。
・理事会
　理事は総会において正会員の中から選任され、常時10名以上となっています。
　また理事の中から理事長１名、副理事長２名以内を選出するほか、下記の常置委員会の委員長を選出します。
　
　 [常置委員会]
　総務委員会：HAB研究機構の総括的な活動を企画・運営しています。
　広報委員会：NEWSLETTERの編集や市民公開シンポジウムの企画などの広報活動を行います。
　財務委員会：予算を作成し、決算報告を行います。
　研究推進委員会：ヒト試料を用いた研究を推進する活動を行っています。
　学術年会組織委員会：年１回開催する学術年会の企画・開催を担当します。
・監事
　総会において選任されます。
　業務執行や財産の状況について監査し、総会や所轄庁に報告する義務を持っています。
・評議員会
　評議員は2名以上の理事の推薦を受けて理事長が任免します。
　理事長の諮問に応じて会議を開催し、理事長に答申する義務を持っています。
・顧問委員会
　わが国におけるヒト試料の研究利用に関して、
　各界の専門家に大所高所からご議論頂く特命委員会です。
・倫理委員会
　ヒト試料を用いた研究計画の実施の適否等について、理事長の求めに応じて会議を開催します。
　倫理的観点とともに科学的観点も含めて審査することが義務付けられています。
・人試料委員会
　わが国にはヒト試料を研究に供する場合を想定した法律がないため、
　関連した法律や倫理問題を配慮し、自主ルールを作成することを目標とした特命委員会です。
・在り方委員会
　HAB研究機構の活動の質的向上への提言を行うことを目的として、
　理事長が必要に応じて設置します。
・アドホック委員会
　第2次人試料委員会でまとめられた報告書をもとに、
　日本人の組織・細胞を研究者に供するための作業委員会です。
　
・事務局
　HAB研究機構の事務局です。2016年に所在地を附属研究所内に移転しました。
・附属研究所
　HAB研究機構の研究所です。